病虫害的防治应遵循综合防治、以防为主的原则。
　　1、油用牡丹主要病害
　　多年的栽植经验表明，凤丹牡丹对病虫害具有较强的抗性。其面临的主要病害有根腐病、褐斑病、灰霉病、立枯病、叶斑病和炭疽病等。
　　根腐病
　　根腐病是凤丹牡丹的重要病害。发病部位在根部，初呈黄褐色，后变成黑色，病斑凹陷，大小不一，可达髓部，病变部位变黑，根部可全部或局部被害，病重植株老根腐烂，新根不生，地上部分叶黄、萎凋。枝条细弱，发芽迟，甚至全株死亡。重茬对病害发生和危害的影响非常明显。一般土质粘重、地势低洼、不易排水的地块发病重，凤丹根受地下害虫（如蝼蛄、蛴螬等）危害的植株感病重。
　　根腐病病原菌以菌丝和分生孢子在患病根部越冬。3月上旬随着地温的回升，病原菌可开始活动，通过伤口和自然孔口侵入根部，5-7月为发病盛期，10月下旬病菌停止侵染。病原菌可随流水近距离传染，或随苗木调运远距离传播。其潜伏期为15-20天。
　　对发现的病株要挖出深埋，并在种植穴内撒一些石灰或硫磺粉结合阳光进行土壤消毒。化学防治，可以采用福美砷、腐必治或者多福可湿性粉剂进行灌根，防效可以达到84-90%以上。
　　灰霉病
　　凤丹牡丹的灰霉病是一种发生普遍、危害严重的病害，尤其易在阴雨潮湿季节流行。发病严重时叶片干枯、幼茎和花瓣腐烂。
　　灰霉病主要危害叶片，尤其下部叶片易被感染。发病初期，叶片上出现近圆形或不规则形水渍状病斑，多发生于叶尖和叶缘。后期病斑扩大，直径多在1cm以上。病斑褐色、紫褐色至灰褐色，有时产生轮纹。在湿度大的条件下，病部产生灰色霉层。
　　叶柄和茎部发病时，产生水渍状暗绿色长条斑，后变褐凹陷，病部软腐，导致植株折断。
　　花瓣染病时，变褐腐烂，产生灰色霉层。
　　可用甲基托布津或多菌灵液防治。
　　褐斑病
　　褐斑病又称轮斑病，是凤丹牡丹常见的叶部病害之一。发病初期受害叶片产生褐色至黑褐色圆形病斑。病斑具有同心轮纹，大小不等，直径为2~10mm。病害后期，病斑上生黑色霉层；相邻病斑可愈合成不规则形的大斑。发病严重时，叶片布满病斑而枯死。
　　凤丹牡丹的嫩茎、叶柄上的病斑出现在3月下旬。而4月上旬新叶刚抽出不久即可见到针头状的病斑，后病斑逐渐扩展相连成片，7-9月为发病盛期。11月上旬后，病原菌进入越冬期。
　　可选择多菌灵、甲基托布津等与叶面施肥混合进行防治。
　　立枯病
　　立枯病多出现在新的育苗地块。病原为立枯丝核菌，病菌从土表侵入凤丹牡丹的幼苗茎基部。发病时，幼苗基部先变成褐色，后呈暗褐色，严重时呈黑褐色腐烂。病株叶片发黄，植株萎蔫、枯死，但不倒伏。病菌也可侵染幼株近地面潮湿叶片，引起叶枯，并很快波及全叶及叶柄，造成死腐。发病地块可用敌磺钠（敌克松）等配水浇灌。
　　根结线虫
　　凤丹牡丹的根被根结线虫感染后，营养根上长出瘤状物，形成根瘤，根瘤上长须根，须根上再长瘤，可以反复多次，使根瘤呈从枝状，严重影响凤丹牡丹的生长、开花。通常根结线虫以雌虫和卵在凤丹牡丹的根部越冬，第二年初次侵染凤丹牡丹新生营养根的主要是越冬卵孵化的二龄幼虫。根结线虫可以通过病土、流水、工具和带病苗木传播。
　　可以采用甲基异柳磷或阿维菌素灌根处理进行防治，效果可以达到85%以上。
　　2、油用牡丹虫害防治
　　种植凤丹牡丹的地块有金针虫、蝼蛄、蛴螬、地老虎等为害。根据危害情况可采取以下防治措施：
　　灌根防治：辛硫磷乳油或甲基异柳磷灌根处理。
　　毒饵诱杀：乐斯本乳油或辛硫磷乳油拌入煮至半熟或炒香的饵料（麦麸、豆粕等）作毒饵，傍晚均匀撒施。蛴螬危害严重时，可设置诱杀其成虫金龟子的灯具设施。
　　3、油用牡丹草害的防治
　　我国南方地区，由于气温较高、降雨较多，草害的发生是当前油用牡丹凤丹栽培过程中面临的一个突出问题。进行草害的防治应注意以下几点。
　　油用牡丹凤丹的草害问题贯穿从育苗到大田栽培的全过程，特别是育苗和大田栽培的早期阶段，必须从思想上高度重视草害的危害性。否则草害可能带来很大的经济负担和损失。
　　草害的防治应遵循以防为主、“锄早、锄小、锄了”和多种防治方法并举，进行综合防治的原则。
油用牡丹关键环节及防治方法：
　　1、整地阶段
　　新选定的苗圃地或者苗木栽植地应提前一个月深耕翻晒，深度50cm左右。在深耕翻晒的同时，使用农达（草甘膦）等除草剂，局部杂草严重或有多年生禾本科杂草地块可酌情使用两次。
　　2、田间管理
　　播种或者苗木移植后、杂草开始生长前，喷洒一次乙草胺，进行“土壤封闭”。
　　苗木生长期内，应及时除草，坚持“锄早、锄小、锄了”，切忌杂草丛生后再除草。
　　3、防治方法
　　目前经常采用的除草方法包括：人工（机械）除草法和化学（除草剂）除草法。其中，应用除草剂需十分谨慎（田间禾本科杂草可用精喹禾灵杀灭）。
　　此外，可以积极探索家禽（鸡、鸭）灭草、覆膜除草等其它除草技术和方法，在小面积实验成功的基础上进行大面积推广。